Ngày 16 tháng 1 năm 2007, một cuộc điều tra tội phạm chống lại Olmert được đưa ra. Cuộc điều tra nhắm vào các nghi ngờ rằng trong thời gian làm Bộ trưởng Tài chính, Olmert đã tìm cách thao túng việc bán Ngân hàng Leumi để mang lại lợi nhuận cho ông trùm bất động sản người Australia sinh ra tại Slovakia Frank Lowy, một người thân cận với ông.[14] Cảnh sát Israel điều tra vụ việc này cuối cùng kết luận rằng bằng chứng đã được thu thập không đủ để lên cáo trạng và không đưa ra một đề xuất trách nhiệm nào.[15]

Tháng 4 năm 2007 có thêm cáo buộc rằng, trong thời kỳ làm Bộ trưởng Lao động, Công nghiệp, Thương mại, Olmert có thể đã có hành động tội phạm khi tham gia tích cực vào một trung tâm đầu tư.[16] Trong một cuộc điều tra của nghị viện tháng 7 năm 2007, Olmert dứt khoát phủ nhận các cáo buộc này.[17]

Tháng 5 năm 2008, mọi việc trở nên công khai rằng Olmert đang là chủ thể của một cuộc điều tra khác của cảnh sát. Các cuộc điều tra liên quan tới những cáo buộc hối lộ.[18][19] Olmert nói rằng ông đã nhận các khoản hỗ trợ tranh cử từ thương nhân người Mỹ-Do thái Morris Talansky khi đang chạy đua vào ghế Thị trưởng Jerusalem, lãnh đạo của Likud và ứng cử viên trong danh sách của Likud vào Knesset, nhưng bác bỏ những lời kêu gọi từ chức, và nói rằng: "Tôi không bao giờ nhận hối lộ, tôi không bao giờ lấy một xu cho mình. Tôi được các bạn bầu ra, các công dân của Israel, để trở thành Thủ tướng và tôi không có ý định lùi bước trước trách nhiệm này. Nếu Tổng chưởng lý Meni Mazuz, quyết định đưa ra một cáo trạng, tôi sẽ từ chức, thậm chí khi luật pháp không buộc tôi phải làm như vậy."[20][21] Ngày 23 tháng 5 Đội điều tra Giả mạo Quốc gia đã lần thứ hai thẩm vấn Olmert trong vòng một giờ tại căn hộ của ông ở Jerusalem về những cáo buộc tham nhũng. Ngày 27 tháng 5 Morris Talansky đã ra làm chứng trước toà án rằng trong vòng 15 năm qua ông đã trao cho Olmert hơn $150,000 bằng tiền mặt. Ngày 6 tháng 9 năm 2008 cảnh sát Israel đề xuất rằng có thể đưa ra các cáo buộc tội phạm chống lại Olmert.[22]

Ngày 26 tháng 11 năm 2008, Tổng chưởng lý Meni Mazuz, đã thông báo với Olmert rằng ông quyết định đưa ra một cáo trạng chống lại ông trong cái đã được gọi là vụ "Rishontours", treo một phiên nghe xử trước tổng trưởng lý. Olmert sẽ nói chuyện ở nước ngoài thay mặt cho các nhóm như Yad Vashem Holocaust memorial, một nhóm ủng hộ cho IDF hay một tổ chức từ thiện cho những trẻ em Israel bị tàn tật trí não, Rishon Tours sau đó làm hoá đơn mỗi nhóm cho cùng chuyến đi như nếu họ chi trả riêng và đặt tiền trong tài khoản ngân hàng đặc biệt được cho là để cho Olmert sử dụng cá nhân.[23][24] Tuy nhiên, theo pháp lý, ông vẫn được cho là vô tội cho tới khi có phán quyết cuối cùng của toà án, và vì thế có thể tiếp tục thực hiện trách nhiệm Thủ tướng cho tới khi một Thủ tướng mới tuyên thệ.[25]

Ngày 1 tháng 3 năm 2009, Tổng chưởng lý Meni Mazuz, đã thông báo với các đại diện pháp lý của Olmert rằng ông đã quyết định đưa ra một cáo trạng chống lại Olmert trong cái đã được gọi là vụ việc "cash envelopes", treo một cuộc nghe xét xử trước tổng trưởng lý [26]

Mặc dù thường là một mục tiêu của những cáo buộc tham nhũng, Olmert chưa bao giờ bị kết án về một tội phạm.[27]

Ngày 30 tháng 8 năm 2009 một cáo trạng chống lại cựu thủ tướng Ehud Olmert đã được đưa ra tại Toà án Quận Jerusalem. Bản cáo trạng gồm những khoản sau: obtaining by fraud under aggravating circumstances, fraud, breach of trust, falsifying corporate documents and tax evasion. The indictment refers to three out of the four corruption-related cases standing against him: 'Rishontours', 'Talansky' (Also known as 'Money envelopes' affair) and the 'Investment Center' [1]. Đây là cáo trạng đầu tiên với một người từng giữ chức vụ Thủ tướng Israel.[28]